這個認知應該來自毒蛇或者樹汁。
遊戲裡的毒素一般就是英文里的 poison。
而且這個題基本是不用考慮漢語的, 中國傳統一般認為中毒和紫色相關聯。
poison 這個詞早在化學這個學科建立以前就是綠色毒藥的代名詞了。
所以從化學角度答肯定是錯的, 應該考據更古老的用法。
英語中表示毒物的詞主要有三個：poison、venom 和 toxin。
本身是法語, 詞源是拉丁語 potare, 表示飲用水, 毒藥的含義可能在 12 世紀出現。
詞源是拉丁語 toxicum, 往前追溯是 toxikon, 表示“塗在箭頭上的東西”, 一般塗植物提取物製成的毒藥。
總不能塗大便?
詞源是拉丁語 venenum, 再往前追溯據說是 venus (反正書上這麼寫的), 原指愛的魔藥，後衍生出毒藥的含義, 最後轉變為英語中的 venom。
還有一個詞 virus, 現在叫病毒, 但這個詞在成為醫學術語之前指樹汁。
這個詞又和拉丁語 vīpera 毒蛇有一定關聯, 詞根 ven- 與 vī- 同源, 都是力量、生命和活力的意思。
poison 怎麼從飲用水變成毒藥的暫時沒查到學術界的定論。
但是可以猜測是有人把毒蛇的毒液或者有毒的樹汁滴到了飲用水裡, 然後喝下這水的人直接被毒死了。
然後 poison 的含義就被污染成了毒藥。
而植物和毒蛇大多數都是綠色的, 所以人們對綠色液體形成了恐懼。
當然化學後面強化了一波毒是綠色的認知也是真的。
1775年，化學家謝勒發明瞭謝勒綠，主要成分為含亞砷酸銅 \rm{CuHAsO_3} ，其鮮豔的色調風靡歐洲，被廣泛用於牆紙、服飾、玩具甚至食品染色。
現代人一看砷就知道是什麼情況了, 但古代砷的作用尚不明確, 反正他們突然很喜歡砷綠色, 這波屬於是自我滅絕。
貴族這種生物我也不懂, 羅馬貴族還喜歡鉛呢。
拿破崙被流放到聖赫倫那島上的時候，他居住的房間牆壁布滿了砷綠色壁紙。
而對他的頭髮進行分析也發現了砷，所以很多人覺得拿破崙是被毒死的。
聖赫倫那島氣候潮濕，壁紙很容易發黴，黴菌會把壁紙中的砷酸轉為三甲基脅 \rm{(CH_3)_3As} 與脅，造成吸入性中毒。
然而砷這東西大部分化合物溶液都是無色的, 所以謝勒綠(18世紀)不可能是 poison 綠色認知(12世紀)的起源。
至於黴菌說也不大可能, 有些黴菌確實是綠的, 但是缺了轉變為液體這一步關鍵演變, poison 在帶有毒藥含義之前首先是一種液體, 而且從古英語文獻看來還是可飲用的液體。
我認為黴菌說證據不足。
然後又因為綠色和有毒綁定太深了, 導致人們認為輻射也是綠的, 輻射而死會化為綠水。
於是綠色成功又毒害了一個詞。