1、徵稅物件和範圍不同：企稅的徵稅對像是法人或其他組織的收益或利潤所得，而個稅物件則是居民和非居民的個人所得。
企稅應稅收入包括：銷售貨物收入、提供勞務收入和其他收入等九個稅目。個稅應稅收入包括：工資薪金所得、個體工商戶生產經營所得偶然所得等11個稅目。
2、概念不同：企業所得稅和個人所得稅徵稅物件都是對其收益或利潤的所得所繳納的稅，都是調節在所得領域國家與企業或個人之間的分配關係。
個稅所得稅就是個體工商戶，個人獨資企業等應交的稅，這種個體企業不需繳納企業所得稅，但是需要繳納個人所得稅，計算與個人所得稅差不多。但是在徵收物件、稅、優惠政策、稅率、稅前扣除以及征繳方式等方面有很大的區別。
3、稅率不同：企業適用25%的比例稅率，20%（小型微利企業）和15%（高新技術企業）優惠稅率。個稅有超額累進稅率（從5%-45%），比例稅率（20%）。
4、減免的優惠政策不同：企稅收入總額中有不徵稅收入、免稅收入、從事農、林、牧、漁等五種情況免征或減征，以及加計扣除、減計收入、加速折舊、稅額抵免、專項優惠等多種形式的優惠。
5、稅前列支扣除和所得稅額的計算方式不同：企稅發生的公益性捐贈支出按照年度利潤總額在12%以內部准予扣除等方法予以扣除。個稅扣除包括對教育事業和其他公益事業捐贈部分以及附加減除費用等扣除。
6、征繳方式不同：企稅採取查賬徵收或核定徵收方式徵收，個稅在徵稅形式上有代扣代繳、個人申報，其他各種形式的監控與徵收。