南瓜籽作為人們日常生活中的一種零食，含有很豐富的營養價值，如果膠、維生素、膳食纖維等。長期食用，可以為人們補充身體所需的營養，對人體有益。
南瓜籽中含有的豐富的營養物質之一就是果膠，它進入人體后可以吸附並消除一些身體內的細菌毒素和其它的有害物質，比如重金屬和放射性元素等。它可以促進這些細菌毒素和有害物質排出體外，起到排毒解毒的作用。另外，它還有抗機體氧化的作用，每天適量吃一些南瓜籽可以有延緩衰老的效果。
長期抽煙喝酒的人如果適量地吃一些南瓜籽，可以在一定程度上預防腎結石疾病。
南瓜籽含有的果膠成分還可以保護胃黏膜，讓它不用遭受一些比較粗糙的食物的刺激，並能夠加快潰瘍的癒合，對腸胃有較好的保護效果。
南瓜籽中也含有一定的纖維素，可以幫助促進腸胃蠕動，加快食物的消化，促進排便，達到健胃消食的作用。
南瓜籽含有的鈷元素有一定的造血功能，可以促進人體的新陳代謝以及維生素B12的合成。此外，它還是人體胰島細胞所必須的微量元素，有一定的降低血糖的作用。