黃色檸檬剛開始也是青色的，會隨著果實的成熟而逐漸變黃，成熟後會變為黃色。青檸檬從掛果開始到成熟一直都是青色的。成熟之後從顏色上看就有明顯的區別。
黃檸檬和青檸檬從外形形態上也可區分開。黃檸檬的表皮紋理比較粗糙，果肉是淡黃色的，聞起來會散發出濃郁的清香。青檸檬的外皮是碧綠色的，表皮光滑，果肉通透，聞起來有清淡的檸檬香味。
黃檸檬主要用在西餐上，可將其榨成檸檬汁來烹調海鮮，能起到去腥增香的作用。還可將黃檸檬切成片，可用來泡水，這樣能起到消脂減肥的作用。青檸檬在泰菜或東南亞菜多是作調料來使用的。
青檸檬吃起來更酸一些，其中含的維生素C比較高，黃檸檬含的維生素C相比要低一些。黃檸檬一般都是國產的，我國大部分栽培的都是黃檸檬，青檸檬多是國外進口的，因此在我國青檸檬的價格會更貴一些，黃檸檬更普遍，基本四季都可購買到。